Excellence en Recherche, Formation, Valorisation dans le domaine des Sciences et Techniques de la Mer

Orientations Scientifiques

L' Axe 1 innove dans le domaine de la génomique marine en dépassant le stade de la description et de la comparaison des génomes d'organismes marins (génomique comparative) pour mettre l'accent sur la génomique fonctionnelle, que ce soit en termes de fonction biochimique ou de fonction biologique des gènes. Il prépare des outils de la génomique environnementale (métagénomique) et accélère le transfert de ces approches vers la communauté des océanographes. Le thème émergent biotechnologies et "chimie bleue" organise le rapprochement de biologistes et de chimistes structuraux pour donner naissance à une problématique nouvelle en France, l'écologie chimique marine, tout en apportant à la communauté des chimistes de nouveaux modèles moléculaires.

Les partenaires de l’axe 1 se fédèrent autour d’un socle conceptuel et technologique commun : biologie systémique, chimie et biologie structurales, physico-chimie des polymères dont le fil rouge est : des gènes aux métabolites. Ce socle peut servir pour des thématiques qui apparaissent dans d’autres axes (génomique environnementale, par exemple, dans les axes 2, 3 et 4 ; instrumentation dans l’axe 5).

Les principaux organismes étudiés sont des microbes (virus, bactéries, archae, microalgues), des macroalgues, des invertébrés (mollusques, annélides, échinodermes) et des poissons, soit en tant que modèles de biologie fondamentale, soit en tant qu’espèces exploitées (pêchées ou cultivées). Les principales approches mises en oeuvre sont, dans le domaine de la biologie, la biologie moléculaire, la génétique, la génomique, la biochimie, la biologie cellulaire, et la biologie systémique (= de la molécule aux organismes) et, dans le domaine de la chimie, la chimie analytique, la chimie structurale (protéines, polysaccharides, lipides, métabolites aromatiques, métabolites halogénés) et la chimie macro-moléculaire (physico-chimie, biophysique)

Applications

Un premier domaine d’application est le soutien aux programmes de sélection pour les espèces animales d’intérêt aquacole, notamment en conchyliculture, un secteur très développé en France. Le rapprochement, au sein du GIS, des équipes du CNRS et de l’Ifremer est aussi de nature à faire émerger une expertise en amélioration génétique des espèces végétales marines. La mise en oeuvre de cette expertise devra passer par un déploiement en dehors de la France, dans les pays qui sont des acteurs majeurs de l’aquaculture des algues : Chili, Extrême Orient et Asie du Sud-Est.

Un deuxième domaine d’application est l’identification de molécules bio-actives pour la médecine, la parapharmacie et l'agriculture ainsi que la mise au point de procédés biotechnologiques fondés sur des protéines recombinantes. Les destinataires de ces développements sont des entreprises locales (très peu nombreuses dans ce secteur), des grands groupes pharmaceutiques (Servier, Sanofi-Aventis, Pierre Fabre…) souhaitant externaliser la recherche de nouveaux principes actifs à partir du monde marin et des start-up à créer en biotechnologies. À cet égard, la création d’une « nurserie » adossée à la Station biologique de Roscoff constituera un atout indéniable.